Abwässer aus grösseren Kliniken können Säuren und Laugen enthalten und deshalb eine Abwasserneutralisation benötigen. Im Abwasser findet man zudem eine Vielzahl an organischen Stoffen, besonders Reinigungsmittel-, Desinfektionsmittel- und Medikamentenrückständen. Werden Laboratorien betrieben, kommen weitere Chemikalien dazu. Diese sogenannte «Mikroverunreinigungen» können in der Umwelt äusserst problematisch sein und sind für die Behandlung des Abwassers eine Herausforderung. Werden die gesetzlichen Anforderungen zur Einleitung des Abwassers in die Schmutzabwasserkanalisation nicht eingehalten, ist das Abwasser mittels einer Abwasservorbehandlungsanlage vorzureinigen.

Im Gesundheitswesen fallen medizinische Sonderabfälle an, die bei der Handhabung und der Entsorgung besondere Anforderungen stellen und deshalb an spezielle Entsorgungsfirmen abgegeben werden müssen. Darunter fallen Gewebe- oder Blutproben, infektiöse Abfälle, Abfälle mit Verletzungsgefahr oder Altmedikamente. Sie müssen gesondert gesammelt und sicher gelagert werden.

Spitäler benötigen meist eine Versorgung mit medizinischem Sauerstoff. In der Regel wird dieser verflüssigt in einem Tank im Freien gelagert. In einem Abstand von fünf Metern um Sauerstofftanks dürfen sich keine Einlaufschächte oder Gebäudeöffnungen befinden. Die Tanks müssen mit einem Anfahrschutz gesichert sein.

In Kliniken werden diverse Reinigungs- und Desinfektionsmittel verwendet. Diese sind teilweise giftig oder ätzend und in der Regel umweltgefährdend. Alle wassergefährdenden Stoffe sind in Auffangwannen zu lagern. Bei der Lagerung sind die Zusammenlagerungsvorschriften zu beachten, sodass gefährliche Reaktionen unter den Stoffen verhindert werden können.

Werden wassergefährdende Stoffe an- oder ausgeliefert, dann müssen die entsprechenden Umschlagplätze abgesichert werden. Mittels Schutzmassnahmen (z.B. abflussloser Schacht) muss sichergestellt werden, dass bei einem Unfall auslaufende Flüssigkeiten aufgefangen werden und nicht in die Umwelt gelangen. Je grösser die umgeschlagenen Behälter und je wassergefährdender die Stoffe darin sind, desto grösser muss das erforderliche Rückhaltevolumen sein.

In seltenen Fällen werden so grosse Mengen an wassergefährdenden Stoffen gelagert, dass ein Rückhalt des Löschwassers notwendig ist.

Liegen Heizöltanks oder Lager mit wassergefährdenden Stoffen unter dem anzunehmenden Hochwasserniveau, können Massnahmen zum Schutz vor Hochwasser verlangt werden. Spitäler und gewisse Heime gelten als Sonderrisiko-Objekte. Wenn sie in einem Hochwasser-Gefahrenbereich liegen, können Hochwasserschutzmassnahmen verlangt werden.

In seltenen Fällen kann aufgrund der grossen Menge gelagerter Stoffe und Zubereitungen ein Spital in den Geltungsbereich der Störfallverordnung fallen. Dann ist eine Abklärung der möglichen Schädigungen von Mensch oder Umwelt notwendig.